2002年冬。横浜ベイブリッジに謎のミサイルが投下された。報道はそれが自衛隊機であることを告げるが、該当する機体は存在しなかった。これを機に続発する事件は警察と自衛隊の対立を招き、事態を重く見た政府は実戦部隊を治安出動させる。東京に「戦争」を再現した恐るべきテロリストを追って、第2小隊最後の出撃が始まる。

映画『機動警察パトレイバー 2 the Movie』は、『機動警察パトレイバー the Movie』の続編。戦争やテロリズムを題材に、よりシリアスで哲学的なテーマを掘り下げた物語が描かれる。監督・押井守、脚本・伊藤和典のコンビが続投。