刻は江戸時代。人里離れた沖津村の浜に村人の惨殺された死体が上がる。邪教集団・紅魔衆の首領・螭鮫士郎は不老不死の力を得る為に、忍術を使い鮫を操る事によって村で採れる真珠を強制的に村人から巻き上げていたのだ。この状況に業を煮やした村長は、助太刀を頼むべく村外れの寺にいる用心棒の潮崎小太郎に会いに行く。

報酬とともにその仕事を⼀旦引き受ける小太郎だが、小太郎の行く手に現れたのは菊魔と名乗る女忍者だった。村人を救う為に鮫士郎に戦いを挑む小太郎だが、その前に現れたのは、この世の物とは思えない巨大な鮫…。遂に実現する、忍者対鮫の究極バトル！生き残るのはどっちだ！

映画『妖獣奇譚 ニンジャ VS シャーク』は、江戸時代を背景に“忍者対サメ”の、史上最大の異種格闘戦を描く作品。忍者、忍術、アクション、ゾンビ、スプラッター、巨大なサメと要素盛りだくさんのノンストップエンターテイメントを提供する。監督は、「パワーレンジャー」「ウルトラマン」「仮面ライダー」『破裏拳ポリマー』等、数多くの特撮ヒーローを世に送り出し、実写映画『文豪ストレイドッグス BEAST』も手掛けた坂本浩⼀。