決闘に向かった⼟井先⽣が、⾏⽅不明に！？タソガレドキ忍者・諸泉尊奈⾨に挑まれた決闘に向かった後、消息を絶ってしまった⼟井先⽣。尊奈⾨とその上司にあたる雑渡昆奈⾨から⼀連の事情を聞いた、忍術学園の⼭⽥先⽣と六年⽣たちは⼟井先⽣の捜索に当たる。⼀⽅、何も知らない⼀年は組では、昆奈⾨・尊奈⾨が⼟井先⽣・⼭⽥先⽣の代わりに教壇に⽴つことに︕︕
異様な緊張感が⾛る授業にへとへとになりつつも、いつも通りのん気に過ごす⼀年は組の忍たまたちだったが、平穏な⽇常に忍び寄る⽩い闇。その正体とは…︖果たして乱太郎、きり丸、しんべヱたちは、忍術学園の⽇常を取り戻すことができるのか！？

アニメ映画『劇場版 忍たま乱太郎 ドクタケ忍者隊最強の軍師』は、尼⼦騒兵衛の漫画『落第忍者乱太郎』を原作とする人気テレビアニメ「忍たま乱太郎」の劇場版第3弾となる作品。2013年に刊⾏された 『⼩説 落第忍者乱太郎 ドクタケ忍者隊 最強の軍師』を初めて映像化したものだ。キャラクターデザインは新⼭恵美⼦が手掛け、監督は藤森雅也、脚本は阪⼝和久が担当する。