九十九島水族館は九十九島パールシーリゾート内にある西海国立公園九十九島の海中世界を再現した水族館。

展示点数約120種13,000匹を誇る屋外型大水槽「九十九島湾大水槽」では、水槽を囲む回廊から回遊性の魚やサメ類、エイ類などを観察することが可能。また、施設1階および2階の「クラゲシンフォニードーム」では、光と音楽、映像とクラゲの美しい姿の癒しの空間が広がる。