新たな温泉を狙う凶暴ザメ軍団に、女子高生とマッチョが挑む熱血バトルが展開する。K県湯国町には古くから「サメ太郎」伝説が語り継がれ、町の各所には“サメ”を祀る意匠が残されていた。しかし、暑海市の「温泉シャーク騒動」以降は観光客が減り、町の活気は失われていた。ミュージシャンを夢見る女子高生・速見天満は、ある夜、町に伝わる大切な「サメ太郎像」を誤って壊してしまう。その直後、観光客の行方不明事件が発生。やがて湯国町だけでなく、九州全土を巻き込む恐ろしい計画が動き出す。

温泉に凶暴ザメが現れる異色の設定で話題を集めた『温泉シャーク』の続編となる特撮アクション映画。観光不振に揺れる町・K県湯国町で、女子高生の速見天満が「サメ太郎像」を壊したことをきっかけに、観光客の行方不明事件と九州全土を巻き込む恐ろしい計画が動き出す。凶暴ザメ軍団に加え、巨大メカ生命体まで出現し、前作を上回るスケールのバトルとパニックが映し出される。